En 1740 fue explorado el centro y sur de lo que sería la Provincia de Buenos Aires por la Primera Misión Jesuítica. Integraba esta misión el Padre Folkner, quien tenía a su cargo reunir toda la información sobre el lugar. El espejo de agua que había en el actual partido de Lobos, estaba poblado por numerosas nutrias. En aquellos tiempos eran conocidas con el nombre de “lobos de agua o de río”, por lo que se deduce que la Laguna pudo haber tomado su nombre de esta referencia realizada por la Misión.

El acta labrada por el Cabildo de Buenos Aires el 17 de marzo de 1752, es el documento más antiguo conocido, en el que se denomina "De los Lobos" a la laguna, cuyo nombre dio origen al Fortín “San Pedro de Los Lobos”. Este fue construido en 1779, a orillas de la misma, en la segunda avanzada contra el indio organizada por el Virrey Vertiz.

A principios de 1940, la Laguna de Lobos dejó de estar afectada a la pesca comercial, estableciéndose como actividad la pesca deportiva.

En 1942 se creó el Club de Pesca Lobos, construyendo su sede a la vera de la Laguna, en un terreno que adquiere a la familia Logüercio. Alrededor del mismo, en 1950, se trazó la Villa con parcelas de aproximadamente 800 m2. Se construyó la Avenida Costanera sobre la margen de la laguna, un espacio verde público y el equipamiento comunitario en el centro del amanzanamiento.